MSPcrunch.h File Reference

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Classes

struct  _MSP

Defines

#define AAID_MIN   1
#define AAID_MAX   24
#define AAID_CNT   24
#define NA   (AAID_MAX+1)
#define GAP_AA_CHR   '.'
#define NUTID_CNT   16
#define NAMESIZE   50
#define max(a, b)   (((a) > (b)) ? (a) : (b))
#define min(a, b)   (((a) < (b)) ? (a) : (b))

Typedefs

typedef struct _MSP MSP

Variables

int aa_atob []
char aa_btoa [] = "-ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*"
int nt_atob []
char nt_btoa [] = "ACGTRYMKWSBDHVN-"
int PAM120 [24][24]
int BLOSUM62 [24][24]
int BLOSUM62_12 [24][24]
double aafq [20]

Define Documentation

#define AAID_CNT   24

#define AAID_MAX   24

#define AAID_MIN   1

#define GAP_AA_CHR   '.'

#define max ( a,
b   )     (((a) > (b)) ? (a) : (b))

#define min ( a,
b   )     (((a) < (b)) ? (a) : (b))

#define NA   (AAID_MAX+1)

#define NAMESIZE   50

#define NUTID_CNT   16

Typedef Documentation

typedef struct _MSP MSP

Variable Documentation

int aa_atob[]

Initial value:

 { 
        NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
        NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
        NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,24,NA,NA,NA,NA,NA,
        NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
        NA, 1,21, 5, 4, 7,14, 8, 9,10,NA,12,11,13, 3,NA,
        15, 6, 2,16,17,NA,20,18,23,19,22,NA,NA,NA,NA,NA,
        NA, 1,21, 5, 4, 7,14, 8, 9,10,NA,12,11,13, 3,NA,
        15, 6, 2,16,17,NA,20,18,23,19,22,NA,NA,NA,NA,NA,

        NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
        NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
        NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
        NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
        NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
        NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
        NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
        NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA 
    }

char aa_btoa[] = "-ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*"

double aafq[20]

Initial value:

 {.081, .057, .045, .054, .015, .039, .061, .068, .022, .057,
           .093, .056, .025, .040, .049, .068, .058, .013, .032, .067 }

int BLOSUM62[24][24]

Initial value:

 {
  4, -1, -2, -2,  0, -1, -1,  0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1,  1,  0, -3, -2,  0, -2, -1,  0, -4,
 -1,  5,  0, -2, -3,  1,  0, -2,  0, -3, -2,  2, -1, -3, -2, -1, -1, -3, -2, -3, -1,  0, -1, -4,
 -2,  0,  6,  1, -3,  0,  0,  0,  1, -3, -3,  0, -2, -3, -2,  1,  0, -4, -2, -3,  3,  0, -1, -4,
 -2, -2,  1,  6, -3,  0,  2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1,  0, -1, -4, -3, -3,  4,  1, -1, -4,
  0, -3, -3, -3,  9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1, -2, -2, -1, -3, -3, -2, -4,
 -1,  1,  0,  0, -3,  5,  2, -2,  0, -3, -2,  1,  0, -3, -1,  0, -1, -2, -1, -2,  0,  3, -1, -4,
 -1,  0,  0,  2, -4,  2,  5, -2,  0, -3, -3,  1, -2, -3, -1,  0, -1, -3, -2, -2,  1,  4, -1, -4,
  0, -2,  0, -1, -3, -2, -2,  6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2,  0, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -1, -4,
 -2,  0,  1, -1, -3,  0,  0, -2,  8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2,  2, -3,  0,  0, -1, -4,
 -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3,  4,  2, -3,  1,  0, -3, -2, -1, -3, -1,  3, -3, -3, -1, -4,
 -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3,  2,  4, -2,  2,  0, -3, -2, -1, -2, -1,  1, -4, -3, -1, -4,
 -1,  2,  0, -1, -3,  1,  1, -2, -1, -3, -2,  5, -1, -3, -1,  0, -1, -3, -2, -2,  0,  1, -1, -4,
 -1, -1, -2, -3, -1,  0, -2, -3, -2,  1,  2, -1,  5,  0, -2, -1, -1, -1, -1,  1, -3, -1, -1, -4,
 -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1,  0,  0, -3,  0,  6, -4, -2, -2,  1,  3, -1, -3, -3, -1, -4,
 -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4,  7, -1, -1, -4, -3, -2, -2, -1, -2, -4,
  1, -1,  1,  0, -1,  0,  0,  0, -1, -2, -2,  0, -1, -2, -1,  4,  1, -3, -2, -2,  0,  0,  0, -4,
  0, -1,  0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1,  1,  5, -2, -2,  0, -1, -1,  0, -4,
 -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1,  1, -4, -3, -2, 11,  2, -3, -4, -3, -2, -4,
 -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3,  2, -1, -1, -2, -1,  3, -3, -2, -2,  2,  7, -1, -3, -2, -1, -4,
  0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3,  3,  1, -2,  1, -1, -2, -2,  0, -3, -1,  4, -3, -2, -1, -4,
 -2, -1,  3,  4, -3,  0,  1, -1,  0, -3, -4,  0, -3, -3, -2,  0, -1, -4, -3, -3,  4,  1, -1, -4,
 -1,  0,  0,  1, -3,  3,  4, -2,  0, -3, -3,  1, -1, -3, -1,  0, -1, -3, -2, -2,  1,  4, -1, -4,
  0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2,  0,  0, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -4,
 -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,  1
 }

int BLOSUM62_12[24][24]

Initial value:

 {
  4, -1, -2, -2,  0, -1, -1,  0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1,  1,  0, -3, -2,  0, -2, -1,  0, -12,
 -1,  5,  0, -2, -3,  1,  0, -2,  0, -3, -2,  2, -1, -3, -2, -1, -1, -3, -2, -3, -1,  0, -1, -12,
 -2,  0,  6,  1, -3,  0,  0,  0,  1, -3, -3,  0, -2, -3, -2,  1,  0, -4, -2, -3,  3,  0, -1, -12,
 -2, -2,  1,  6, -3,  0,  2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1,  0, -1, -4, -3, -3,  4,  1, -1, -12,
  0, -3, -3, -3,  9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1, -2, -2, -1, -3, -3, -2, -12,
 -1,  1,  0,  0, -3,  5,  2, -2,  0, -3, -2,  1,  0, -3, -1,  0, -1, -2, -1, -2,  0,  3, -1, -12,
 -1,  0,  0,  2, -4,  2,  5, -2,  0, -3, -3,  1, -2, -3, -1,  0, -1, -3, -2, -2,  1,  4, -1, -12,
  0, -2,  0, -1, -3, -2, -2,  6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2,  0, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -1, -12,
 -2,  0,  1, -1, -3,  0,  0, -2,  8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2,  2, -3,  0,  0, -1, -12,
 -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3,  4,  2, -3,  1,  0, -3, -2, -1, -3, -1,  3, -3, -3, -1, -12,
 -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3,  2,  4, -2,  2,  0, -3, -2, -1, -2, -1,  1, -4, -3, -1, -12,
 -1,  2,  0, -1, -3,  1,  1, -2, -1, -3, -2,  5, -1, -3, -1,  0, -1, -3, -2, -2,  0,  1, -1, -12,
 -1, -1, -2, -3, -1,  0, -2, -3, -2,  1,  2, -1,  5,  0, -2, -1, -1, -1, -1,  1, -3, -1, -1, -12,
 -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1,  0,  0, -3,  0,  6, -4, -2, -2,  1,  3, -1, -3, -3, -1, -12,
 -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4,  7, -1, -1, -4, -3, -2, -2, -1, -2, -12,
  1, -1,  1,  0, -1,  0,  0,  0, -1, -2, -2,  0, -1, -2, -1,  4,  1, -3, -2, -2,  0,  0,  0, -12,
  0, -1,  0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1,  1,  5, -2, -2,  0, -1, -1,  0, -12,
 -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1,  1, -4, -3, -2, 11,  2, -3, -4, -3, -2, -12,
 -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3,  2, -1, -1, -2, -1,  3, -3, -2, -2,  2,  7, -1, -3, -2, -1, -12,
  0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3,  3,  1, -2,  1, -1, -2, -2,  0, -3, -1,  4, -3, -2, -1, -12,
 -2, -1,  3,  4, -3,  0,  1, -1,  0, -3, -4,  0, -3, -3, -2,  0, -1, -4, -3, -3,  4,  1, -1, -12,
 -1,  0,  0,  1, -3,  3,  4, -2,  0, -3, -3,  1, -1, -3, -1,  0, -1, -3, -2, -2,  1,  4, -1, -12,
  0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2,  0,  0, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -12,
 -12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12, 1
 }

int nt_atob[]

Initial value:

 { 
        NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
        NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
        NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,15,NA,NA,
        NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
        NA, 0,10, 1,11,NA,NA, 2,12,NA,NA, 7,NA, 6,14,NA,
         4, 5, 4, 9, 3, 3,13, 8,NA, 5,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
        NA, 0,10, 1,11,NA,NA, 2,12,NA,NA, 7,NA, 6,14,NA,
         4, 5, 4, 9, 3, 3,13, 8,NA, 5,NA,NA,NA,NA,NA,NA,

        NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
        NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
        NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
        NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
        NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
        NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
        NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,
        NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA
    }

char nt_btoa[] = "ACGTRYMKWSBDHVN-"

int PAM120[24][24]

Initial value:

 {
  3, -3, -1,  0, -3, -1,  0,  1, -3, -1, -3, -2, -2, -4,  1,  1,  1, -7, -4,  0,  0, -1, -1, -8,
 -3,  6, -1, -3, -4,  1, -3, -4,  1, -2, -4,  2, -1, -5, -1, -1, -2,  1, -5, -3, -2, -1, -2, -8,
 -1, -1,  4,  2, -5,  0,  1,  0,  2, -2, -4,  1, -3, -4, -2,  1,  0, -4, -2, -3,  3,  0, -1, -8,
  0, -3,  2,  5, -7,  1,  3,  0,  0, -3, -5, -1, -4, -7, -3,  0, -1, -8, -5, -3,  4,  3, -2, -8,
 -3, -4, -5, -7,  9, -7, -7, -4, -4, -3, -7, -7, -6, -6, -4,  0, -3, -8, -1, -3, -6, -7, -4, -8,
 -1,  1,  0,  1, -7,  6,  2, -3,  3, -3, -2,  0, -1, -6,  0, -2, -2, -6, -5, -3,  0,  4, -1, -8,
  0, -3,  1,  3, -7,  2,  5, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -7, -2, -1, -2, -8, -5, -3,  3,  4, -1, -8,
  1, -4,  0,  0, -4, -3, -1,  5, -4, -4, -5, -3, -4, -5, -2,  1, -1, -8, -6, -2,  0, -2, -2, -8,
 -3,  1,  2,  0, -4,  3, -1, -4,  7, -4, -3, -2, -4, -3, -1, -2, -3, -3, -1, -3,  1,  1, -2, -8,
 -1, -2, -2, -3, -3, -3, -3, -4, -4,  6,  1, -3,  1,  0, -3, -2,  0, -6, -2,  3, -3, -3, -1, -8,
 -3, -4, -4, -5, -7, -2, -4, -5, -3,  1,  5, -4,  3,  0, -3, -4, -3, -3, -2,  1, -4, -3, -2, -8,
 -2,  2,  1, -1, -7,  0, -1, -3, -2, -3, -4,  5,  0, -7, -2, -1, -1, -5, -5, -4,  0, -1, -2, -8,
 -2, -1, -3, -4, -6, -1, -3, -4, -4,  1,  3,  0,  8, -1, -3, -2, -1, -6, -4,  1, -4, -2, -2, -8,
 -4, -5, -4, -7, -6, -6, -7, -5, -3,  0,  0, -7, -1,  8, -5, -3, -4, -1,  4, -3, -5, -6, -3, -8,
  1, -1, -2, -3, -4,  0, -2, -2, -1, -3, -3, -2, -3, -5,  6,  1, -1, -7, -6, -2, -2, -1, -2, -8,
  1, -1,  1,  0,  0, -2, -1,  1, -2, -2, -4, -1, -2, -3,  1,  3,  2, -2, -3, -2,  0, -1, -1, -8,
  1, -2,  0, -1, -3, -2, -2, -1, -3,  0, -3, -1, -1, -4, -1,  2,  4, -6, -3,  0,  0, -2, -1, -8,
 -7,  1, -4, -8, -8, -6, -8, -8, -3, -6, -3, -5, -6, -1, -7, -2, -6, 12, -2, -8, -6, -7, -5, -8,
 -4, -5, -2, -5, -1, -5, -5, -6, -1, -2, -2, -5, -4,  4, -6, -3, -3, -2,  8, -3, -3, -5, -3, -8,
  0, -3, -3, -3, -3, -3, -3, -2, -3,  3,  1, -4,  1, -3, -2, -2,  0, -8, -3,  5, -3, -3, -1, -8,
  0, -2,  3,  4, -6,  0,  3,  0,  1, -3, -4,  0, -4, -5, -2,  0,  0, -6, -3, -3,  4,  2, -1, -8,
 -1, -1,  0,  3, -7,  4,  4, -2,  1, -3, -3, -1, -2, -6, -1, -1, -2, -7, -5, -3,  2,  4, -1, -8,
 -1, -2, -1, -2, -4, -1, -1, -2, -2, -1, -2, -2, -2, -3, -2, -1, -1, -5, -3, -1, -1, -1, -2, -8,
 -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8,  1
 }

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