Alignseg Member List

This is the complete list of members for Alignseg, including all inherited members.

addLength(const int l)	Alignseg	[inline]
addScore(const int sc)	Alignseg	[inline]
Alignseg()	Alignseg	[inline]
Alignseg(const int xx, const int yy, const int ll)	Alignseg	[inline]
Alignseg(const int xx, const int yy, const int ll, const int sc)	Alignseg	[inline]
Alignseg(const Alignseg &as)	Alignseg	[inline]
before(const Alignseg &as)	Alignseg	[inline]
before(const Alignseg *as)	Alignseg	[inline]
contain(const Alignseg &as) const	Alignseg
diagonal() const	Alignseg	[inline]
distanceX(const Alignseg &as)	Alignseg	[inline]
distanceY(const Alignseg &as)	Alignseg	[inline]
getEndX() const	Alignseg	[inline]
getEndY() const	Alignseg	[inline]
getLength() const	Alignseg	[inline]
getScore() const	Alignseg	[inline]
getX() const	Alignseg	[inline]
getY() const	Alignseg	[inline]
len	Alignseg	[protected]
merge(const Alignseg &as)	Alignseg
operator<<(ostream &ous, const Alignseg &as)	Alignseg	[friend]
operator==(const Alignseg &as) const	Alignseg	[inline]
sameDiagonal(const Alignseg &as)	Alignseg	[inline]
score	Alignseg	[protected]
setLength(const int l)	Alignseg	[inline]
setScore(const int sc)	Alignseg	[inline]
setX(const int xx)	Alignseg	[inline]
setY(const int yy)	Alignseg	[inline]
shrink(int sz, const int *xsc, const int *ysc, const Matrix *mt)	Alignseg
x	Alignseg	[protected]
XOverlap(const Alignseg &as) const	Alignseg	[inline]
y	Alignseg	[protected]
YOverlap(const Alignseg &as) const	Alignseg	[inline]