, including all inherited members.
| addLength(const int l) | Alignseg | [inline] |
| addMaxScore(const int sc) | Alignsegex | [inline] |
| addScore(const int sc) | Alignseg | [inline] |
| Alignseg() | Alignseg | [inline] |
| Alignseg(const int xx, const int yy, const int ll) | Alignseg | [inline] |
| Alignseg(const int xx, const int yy, const int ll, const int sc) | Alignseg | [inline] |
| Alignseg(const Alignseg &as) | Alignseg | [inline] |
| Alignsegex() | Alignsegex | [inline] |
| Alignsegex(const int xx, const int yy, const int ll) | Alignsegex | [inline] |
| Alignsegex(const Alignseg &as) | Alignsegex | [inline] |
| attachTo(Alignsegex *as, const int *xsc, const int *ysc, const Matrix *mtx) | Alignsegex | |
| before(const Alignseg &as) | Alignseg | [inline] |
| before(const Alignseg *as) | Alignseg | [inline] |
| connectpath | Alignsegex | [protected] |
| contain(const Alignseg &as) const | Alignseg | |
| diagonal() const | Alignseg | [inline] |
| distanceX(const Alignseg &as) | Alignseg | [inline] |
| distanceY(const Alignseg &as) | Alignseg | [inline] |
| gapaligndropoff | Alignsegex | [protected, static] |
| gapextend | Alignsegex | [protected, static] |
| gapopen | Alignsegex | [protected, static] |
| getConnectPath() const | Alignsegex | [inline] |
| getEndX() const | Alignseg | [inline] |
| getEndY() const | Alignseg | [inline] |
| getLength() const | Alignseg | [inline] |
| getMaxScore() const | Alignsegex | [inline] |
| getScore() const | Alignseg | [inline] |
| getX() const | Alignseg | [inline] |
| getY() const | Alignseg | [inline] |
| len | Alignseg | [protected] |
| maxsc | Alignsegex | [protected] |
| merge(const Alignseg &as) | Alignseg | |
| operator<<(ostream &ous, const Alignsegex &as) | Alignsegex | [friend] |
| Alignseg::operator<<(ostream &ous, const Alignseg &as) | Alignseg | [friend] |
| operator==(const Alignseg &as) const | Alignseg | [inline] |
| prev | Alignsegex | [protected] |
| previous() | Alignsegex | [inline] |
| print(ostream &ous) const | Alignsegex | |
| sameDiagonal(const Alignseg &as) | Alignseg | [inline] |
| score | Alignseg | [protected] |
| setConnectPath(const int p) | Alignsegex | [inline] |
| setDefault() | Alignsegex | [inline] |
| setLength(const int l) | Alignseg | [inline] |
| setMaxScore(const int sc) | Alignsegex | [inline] |
| setParameters(int go, int ge, int gd) | Alignsegex | [inline, static] |
| setPrevious(Alignsegex *as) | Alignsegex | [inline] |
| setPreviousNode(Alignsegex *as) | Alignsegex | [inline] |
| setScore(const int sc) | Alignseg | [inline] |
| setX(const int xx) | Alignseg | [inline] |
| setY(const int yy) | Alignseg | [inline] |
| shrink(int sz, const int *xsc, const int *ysc, const Matrix *mt) | Alignsegex | |
| x | Alignseg | [protected] |
| XOverlap(const Alignseg &as) const | Alignseg | [inline] |
| y | Alignseg | [protected] |
| YOverlap(const Alignseg &as) const | Alignseg | [inline] |
