Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

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• D : codon.h
• DATAIDX : head.h
• DB : seqaln.h
• dchars : discrim.cpp
• deallocateMem() : preparegw.cpp
• DEBUG : dbaln_fungalbt.cpp , pfogmultipledb.cpp
• debugf() : misc.cpp , misc.h
• debugff() : misc.cpp , misc.h
• DEFAULT_C : sim4.h
• DEFAULT_DRANGE : sim4.h
• DEFAULT_E : dna.h
• DEFAULT_I : dna.h
• DEFAULT_K : sim4.h
• DEFAULT_M : dna.h
• DEFAULT_MIN_COV : sim4.h
• DEFAULT_NUM_I : sim4.h
• DEFAULT_O : dna.h
• DEFAULT_V : dna.h
• DEFAULT_W : sim4.h
• DEFAULT_WEIGHT : sim4.h
• DEFAULT_X : sim4.h
• deflineBetter() : gsubarch.cpp , gsubarch.h
• del() : Aceobj.cpp , Aceobj.h , Aceobj.cpp , Aceobj.h
• delall() : strformat.cpp , strformat.h
• DELETE : sim4.h
• deleteChr() : strformat.cpp , strformat.h
• deleteCluster() : loadpgdb.cpp , loadpgdb.h , scorepair.cpp , scorepair.h
• deleteNode() : linktrie.cpp
• deleteRows() : testrange.cpp
• delseq1 : trrpt_alignment.c
• delseq2 : trrpt_alignment.c
• delta() : helper.h , helper.c , helper.h
• deltree() : gentree.h , gentree.cpp , gentree.h
• destroyRemoved() : combest.cpp
• diag_lev : sim4b1.cpp
• dialign : alignment.h
• digest2set() : strformat.cpp , strformat.h
• digestLine() : Aceobj.h , Aceobj.cpp , Aceobj.h
• directory() : README
• DIS : seqaln.h
• discardIgnored() : doublestop.cpp
• discardLowerFootprint() : preparegw.cpp
• discardTo() : blpur.cpp
• dispatch_find_ends() : sim4b1.cpp
• displaySegments() : Coverdepth.cpp
• displayUTRPattern() : caiwe.cpp
• dissect() : strformat.cpp , strformat.h
• DIST_CUTOFF : sim4.h
• DISTANCE : seqaln.h
• Distance() : oldbionj.c
• DISTANCE : seqaln.h
• distanceBaseFreq() : doublestop.cpp
• division : README_group
• dlc() : strformat.h , strformat.cpp
• dna : gb2ace.cpp
• dna_complement : encoding.h , encoding.cpp
• DNA_scores() : dna.h , dna.cpp
• DNA_scores_dflt() : dna.h , dna.cpp
• DNASEQ : bioseq.h
• do() : README
• dump() : pickrepmodel.cpp
• dumpFromModel() : dumpcds.cpp
• dumpIntronExon() : dumpcds.cpp