Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

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• F : codon.h
• FALSE : sim4.h
• farRVR() : bioseq.cpp
• FASTA : seqaln.h
• fatal() : misc.cpp , misc.h
• fatalf() : misc.cpp , misc.h
• fatalfr() : misc.cpp , misc.h
• fddeclump() : fddeclump.c
• FEAT : group.h
• fetchGenomic() : pfog.cpp , pfogmultipledb.cpp
• fetchProtein() : pfog.cpp
• fetchTargetProtein() : chimeradetect_mysql.cpp
• FIELD_START : gbfn.h
• file2table() : gathercaiwegene.cpp , nrep.cpp
• file_type : sim4.cpp , sim4b1.cpp , sim4b1.h
• fileExists() : dbaln.cpp
• files : README
• filterAln() : combest.cpp
• filterCDS() : picktopcds.cpp
• filterFootprint() : footprintHelper.cpp , footprintHelper.h
• finalizing : README
• finalOutput() : pickrepmodel.cpp
• find() : Aceobj.cpp , Aceobj.h , Aceobj.cpp , Aceobj.h
• find_ends() : sim4b1.cpp
• find_log_entry() : sim4b1.cpp
• find_previous() : sim4b1.cpp
• findAllORFIndex() : bioseq.cpp , bioseq.h
• findAllPepORFIndex() : bioseq.cpp , bioseq.h
• findChimera() : checkchimera.cpp
• Finish() : oldbionj.c
• Finish_branch_length() : oldbionj.c
• firstwd() : strformat.cpp , strformat.h , strformat.cpp , strformat.h , strformat.cpp , strformat.h
• firstWord() : util.h , util.cpp
• firstword() : strformat.cpp , strformat.h
• FIT : seqaln.h
• fitD() : fitD.c
• fitS() : fitS.c
• fixStopIndex() : doublestop.cpp
• flip_list() : sim4b1.h , sim4b1.cpp
• Flip_script() : align.cpp , align.h
• fmatch() : sim4b1.cpp
• follows : README_group
• forms : README
• forName() : LoadCDSFromAce.java
• fprintf_argv() : args.h , args.cpp
• FQTABEL_H : fqtable.h
• fractionDifference() : alnexon.cpp
• free_align() : sim4b1.h , sim4b1.cpp
• FREE_BOTH_ENDS : sim4.h
• free_coords() : Xtend1.cpp
• FREE_END : sim4.h
• free_list() : sim4b1.cpp , sim4b1.h
• free_msps() : sim4b1.cpp
• Free_script() : align.h , align.cpp
• FREE_START : sim4.h
• free_table() : sim4b1.h , sim4b1.cpp
• freeTraceList() : helper.h , helper.c
• frontCompareMinus() : GenModel.cpp
• frontComparePlus() : GenModel.cpp
• frylock : README
• fsdeclump() : fsdeclump.c
• ft : fqtable.h
• FULL : seqaln.h
• FUZZYMARGIN : GenModel.h , GenModel.cpp
• FWD : sim4.h