Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

- s -

• S : codon.h
• S11 : md5.cc
• S12 : md5.cc
• S13 : md5.cc
• S14 : md5.cc
• S21 : md5.cc
• S22 : md5.cc
• S23 : md5.cc
• S24 : md5.cc
• S2A() : align.cpp , align.h
• S31 : md5.cc
• S32 : md5.cc
• S33 : md5.cc
• S34 : md5.cc
• S41 : md5.cc
• S42 : md5.cc
• S43 : md5.cc
• S44 : md5.cc
• same_string() : misc.cpp , misc.h
• samestr() : uniqueshortseq.cpp
• save() : picknewseq.cpp
• scandiag : ptrace.c , trace.c , trtrace.c
• scanleft : ptrace.c , trtrace.c , trace.c
• scanup() : trace.c , ptrace.c , trtrace.c
• script_flip_list() : sim4b1.cpp
• search : README , sim4b1.cpp
• searchFiles() : combest.cpp
• SELF : seqaln.h
• sep : filterblast.cpp
• separate() : prt.cpp , prt.h
• SEQ : seqaln.h
• seq1 : sim4b1.cpp , sim4b1.h
• seq2 : sim4b1.cpp , sim4b1.h
• seq2comp() : blast.cpp
• SEQALN_DBTYPE : seqaln.h
• seqaln_dnadis : mccaldon.h
• SEQALN_FTYPE : seqaln.h
• seqaln_mccaldon : mccaldon.h
• SEQALN_PROROW : seqaln.h
• SEQALN_TRACE : seqaln.h
• SEQALN_VERSION : seqaln.h
• SEQRSLT : seqrslt.h
• seqset : TestAcedb.java
• sequenceType : bioseq.h
• set_argv_scores() : dna.cpp
• showmatch() : alnexon.cpp
• showMatrix() : dynaln.cpp
• showRow() : nrep.cpp
• signal_t : sim4.h
• SIM4() : sim4b1.cpp , sim4b1.h
• sim4_stats_t : sim4.h
• SIMILARITY : seqaln.h
• similarNumber() : alnexon.cpp
• singleSpace() : strformat.cpp , strformat.h
• site : README
• sites : README
• SIZE : GFSR.c
• skipExon() : astyping.cpp
• skipExonVariant() : astyping.cpp
• SLIDE_INTRON : sim4b1.cpp
• slide_intron() : sim4b1.cpp
• smaller() : sim4b1.cpp
• snake() : align.cpp
• SOCKET : seqaln.h
• sort_msps() : sim4b1.cpp
• sortESTIntoGoodBad() : caiwe.cpp
• sortop() : wolm.cpp
• source : TestAcedb.java
• splice() : splice.cpp , splice.h
• splice_acceptor() : splice.cpp
• splice_acceptor_uni() : splice.cpp
• splice_donor() : splice.cpp
• splice_donor_uni() : splice.cpp
• splice_t : sim4.h
• split() : strformat.h , blast.cpp , util.cpp , alignment.cc , alnmodel.cc , seqaln2gapos.cpp , gbprt2ace.cpp , blast.cpp , blast.h , seqdiv.cpp , util.cpp , util.h , strformat.cpp , strformat.h
• split2tab() : chimeradetect_mysql.cpp
• splitOneOf() : strformat.cpp , strformat.h
• Spoth1 : README.combest
• SQUARE : seqaln.h
• srgetmaxS() : getbest.c
• srlocalS() : srlocalS.c
• srlsdeclump() : srlsdeclump.c
• ss_t : types.h
• START_SIG : sim4.h
• startWith() : util.cpp , util.h
• startWithIgnoreCase() : util.cpp , util.h
• statAStype() : astyping.cpp
• statMatch() : alnexon.cpp
• STATS : seqaln.h
• stepct() : splice.cpp
• stmt : LoadCDSFromAce.java
• stoplocation() : doublestop.cpp
• stops() : doublestop.cpp
• stopsInIntrons() : intronstop.cpp
• storeBadInTable() : rmfalselink.cpp
• storeBadModel() : gathergene.cpp
• storeBestModels() : pfog.cpp , pfogmultipledb.cpp , pfogfile.cpp
• storeCDS() : wolm.cpp
• storeDeleteRows() : pfog.cpp , pfogmultipledb.cpp
• storeInChimeraTable() : chimeradetect_mysql.cpp
• storeInDelTable() : picktopcds.cpp , pickrepmodel.cpp
• storeInFootprintKeyTable() : footprintHelper.h , footprintHelper.cpp
• storeInMap() : dbaln_nr.cpp
• storeInTable() : checkchimera.cpp
• storeModel() : nrep.cpp
• storeModelCluster() : nrep.cpp
• storePathInfo() : archivegmap.cpp
• storeProteinIntoMap() : dbaln_cds.cpp , dbaln_nr.cpp
• str2upper() : strformat.cpp , strformat.h
• STRID : gecods_mysql.cpp , gecods.cpp
• string() : README
• string2list() : head.cpp
• string2Vector() : GenModel.h , GenModel.cpp
• strings : README
• strTolower() : strformat.h , strformat.cpp , strformat.h , strformat.cpp
• strToupper() : strformat.cpp , strformat.h
• STYPE : seqaln.h
• submit : ref.h
• subseqIsStop() : strformat.h , strformat.cpp
• SUBSTITUTE : sim4.h
• substr() : strformat.cpp , strformat.h , strformat.cpp , strformat.h , strformat.cpp
• Sum_S() : oldbionj.c
• sumnum() : testExon.cpp
• sumnum7() : testExon.cpp
• sumNumber() : Coverdepth.h , Coverdepth.cpp
• sumnumN() : testExon.cpp
• SWISSPROT : seqaln.h
• Symmetrize() : oldbionj.c
• sync_slide_intron() : sim4b1.cpp
• syntax : README