- a -

• alnmethod : alignment.h
• ALNTYPE : dynaln.h

- b -

• BTYPE : seqaln.h

- c -

• Color : Esambl.h
• comparisonType : sim4.h

- i -

• IdType : gecods.cpp , gecods_mysql.cpp
• inftype : gb2ace.cpp

- m -

• MEMUSE : seqaln.h
• modeltype : RNAModel.h
• MTYPE : seqaln.h

- o -

• output_format : seqaln2gapos.cpp

- p -

• prgtask : chimeradetect.cpp
• PTYPE : seqaln.h

- q -

• quality : alignment.h , subcluster.cpp

- r -

• refType : ref.h

- s -

• SEQALN_DBTYPE : seqaln.h
• SEQALN_FTYPE : seqaln.h
• sequenceType : bioseq.h
• STATS : seqaln.h
• STYPE : seqaln.h