- a -

• abnormal : ref.h

- b -

• bad : alignment.h , subcluster.cpp
• BAND : seqaln.h
• best : alignment.h
• black : Esambl.h
• BOTH : sim4.h
• BUFSIZE : prnt.cpp
• BWD : sim4.h

- c -

• CHECKDB : chimeradetect.cpp
• clustal : alignment.h

- d -

• DB : seqaln.h
• dialign : alignment.h
• DIS : seqaln.h
• DISTANCE : seqaln.h
• dna : gb2ace.cpp
• DNASEQ : bioseq.h

- e -

• EST : RNAModel.h
• EST_GEN : sim4.h

- f -

• FALSE : sim4.h
• FASTA : seqaln.h
• FIT : seqaln.h
• FREE_BOTH_ENDS : sim4.h
• FREE_END : sim4.h
• FREE_START : sim4.h
• FULL : seqaln.h
• FWD : sim4.h

- g -

• GEN_EST : sim4.h
• GENBANK : seqaln.h
• GENERIC : bioseq.h
• GLOBAL : dynaln.h , seqaln.h
• good : alignment.h , subcluster.cpp
• gray : Esambl.h

- i -

• INIT : sim4.h
• inpres : ref.h
• INTID : gecods.cpp , gecods_mysql.cpp

- j -

• JGI : RNAModel.h

- l -

• LINEAR : seqaln.h
• LOCAL : dynaln.h , seqaln.h , dynaln.h

- m -

• MAT : seqaln.h
• MATRIX : seqaln.h
• modify : subcluster.cpp
• mRNA : RNAModel.h

- n -

• NEWAT : seqaln.h
• Nfasta_amb : encoding.h , encoding.cpp
• Nfasta_bad : encoding.cpp , encoding.h
• Nfasta_nt : encoding.h , encoding.cpp
• Nfasta_ws : encoding.cpp , encoding.h
• NONE : seqaln.h
• NONMATRIX : seqaln.h
• normal : ref.h
• NUCLEIC_ACID : bioseq.h

- o -

• ok : alignment.h
• OK : sim4.h
• OVER : seqaln.h

- p -

• partial_good : alignment.h
• patent : ref.h
• PERM : sim4.h
• PIPE : seqaln.h
• PIR : seqaln.h
• POSTGRES : seqaln2gapos.cpp
• PRO : seqaln.h
• PROFILE : seqaln.h
• protein : gb2ace.cpp
• PROTEINSEQ : bioseq.h
• PVALUE : seqaln.h

- q -

• QCDB : chimeradetect.cpp

- r -

• red : Esambl.h
• RNA : RNAModel.h
• RNASEQ : bioseq.h

- s -

• SELF : seqaln.h
• SEQ : seqaln.h
• SIMILARITY : seqaln.h
• SOCKET : seqaln.h
• SQUARE : seqaln.h
• STRID : gecods.cpp , gecods_mysql.cpp
• submit : ref.h
• SWISSPROT : seqaln.h

- t -

• TANDEM : seqaln.h
• TEMP : sim4.h
• TEXT : seqaln2gapos.cpp
• thesis : ref.h
• TRUE : sim4.h

- u -

• UNKNOWN : bioseq.h , seqaln.h
• unpub : ref.h

- w -

• white : Esambl.h