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• aachar2num() : bioseq.cpp , bioseq.h
• aanum2char() : bioseq.h , bioseq.cpp
• acronym() : strformat.h , util.cpp , util.h , strformat.cpp
• acronymWithDigit() : strformat.cpp , strformat.h
• acronymWithTag() : strformat.cpp , strformat.h
• add_offset_aligns() : sim4main.cpp
• add_offset_exons() : sim4main.cpp
• add_word() : sim4b1.cpp
• addEntropyColumn() : dbaln_fungalrmsimp.cpp , compnr2gentropy.cpp , rmsimpmatch.cpp
• addfiletag() : caiwe.cpp
• addHSP() : blpur.cpp
• addNewCluster() : qcaln.cc , qcmultialn.cc
• addSingletonGene() : nrep.cpp
• adskip() : astyping.cpp
• Agglomerative_criterion() : oldbionj.c
• align_get_dist() : align.cpp , align.h
• align_path() : align.cpp , align.h
• align_reverse() : align.h , align.cpp
• alignDNA() : dbaln.cpp , dbaln_cds.cpp , dbaln_fungal.cpp , dbaln_nr.cpp
• alignProtein() : dbaln.cpp , dbaln_cds.cpp , dbaln_chimera.cpp , dbaln_chimerathread.cpp , dbaln_fungal.cpp , dbaln_fungalbt.cpp , dbaln_nr.cpp , gwseedaln.cpp
• allLessVector() : GenModel.h , GenModel.cpp
• alnex() : alnexon.cpp
• alternativeAcceptor() : astyping.cpp
• alternativeDonor() : astyping.cpp
• analyzeStop() : doublestop.cpp
• anyToString() : strformat.h
• append() : strformat.h , strformat.cpp , strformat.h , strformat.cpp , strformat.h
• appendChainSingle2Many() : GenModel.cpp
• archiveAln() : GenModel.h , GenModel.cpp , GenModel.h , GenModel.cpp
• asc2num() : util.h , util.c , util.h
• assembleChain() : combest.cpp
• assignGeneId() : combest.cpp
• assignStringArray() : combest.cpp
• astypes() : astyping.cpp
• average3Iterator() : Coverdepth.cpp
• averageIterator() : Coverdepth.cpp
• avgstd() : addentropy.cpp , compnr2gentropy.cpp , rmsimpmatch.cpp , dbaln_fungalrmsimp.cpp