- c -

• cacheGenomic() : intronstop.cpp
• catch() : TestAcedb.java
• cds_range() : sim4main.cpp
• CDSFar() : RNAModel.cpp
• CDSFarAndLong() : RNAModel.cpp
• CDSNoStart() : RNAModel.cpp
• CDSNoStartReverse() : RNAModel.cpp
• CEorAA() : astyping.cpp
• check_consistency_intron_ori() : sim4b1.cpp
• checkAndBuildInput() : nrep.cpp
• checkBadStopIndex() : doublestop.cpp
• checkchimera() : chimeradetect.cpp , chimeradetect_mysql.cpp
• checkcluster() : chimeradetect.cpp
• checkclusterFromStream() : chimeradetect.cpp
• checkcontain() : picktopcds.cpp
• checkCoordinates() : GenModel.cpp
• checksplit() : chimeradetect_mysql.cpp
• checkstop() : doublestop.cpp
• checksum() : check.cpp
• checkUTRChimera() : nrep.cpp
• chisquare() : rmfalselink.cpp
• ChisquareAndRatio() : estlibcount.cpp
• chopEnds() : picknewseq.cpp
• ck_argc() : args.cpp , args.h
• ckalloc() : misc.cpp , misc.h
• ckallocz() : misc.cpp , misc.h
• ckargs() : args.cpp , args.h
• ckfree() : misc.cpp , misc.h
• ckfseek() : misc.cpp , misc.h
• ckftell() : misc.cpp , misc.h
• ckopen() : misc.cpp , misc.h
• ckpclose() : misc.cpp , misc.h
• ckpopen() : misc.cpp , misc.h
• ckrealloc() : misc.cpp , misc.h
• claim() : README
• cleanBySpecies() : chimeradetect_mysql.cpp
• cleanfasta() : cleanshort.cpp
• cleanup() : wolm.cpp
• clearMemory() : picktopcds.cpp
• close() : LoadCDSFromAce.java
• closeAce() : LoadCDSFromAce.java
• clumpModelIntoGene() : RNAModel.cpp , RNAModel.h
• clusterFromFile() : gecods_mysql.cpp
• clusterFromTable() : gecods_mysql.cpp
• clustergene() : gathercaiwegene.cpp , gathergene.cpp
• cmp_nocase() : strformat.cpp , strformat.h
• cmpEditMinusChainFirstFront() : GenModel.cpp
• cmpEditPlusChainFirstFront() : GenModel.cpp
• cmpEditPlusChainIdenticalFront() : GenModel.cpp
• code2seq() : helper.h , helper.c , helper.h
• codonIsStop() : strformat.cpp , strformat.h
• collect3UTRPattern() : caiwe.cpp
• colorRepModels() : nrep.cpp
• combestInput() : gathergene.cpp
• combineModels() : caiwe.cpp
• compact_list() : sim4b1.cpp
• compare() : Seqrange.cpp
• compareCharPtr() : uniqueshortseq.cpp
• compareMinusChainFirstBefore() : GenModel.cpp , GenModel.h
• compareMinusChainIdenticalRight() : GenModel.cpp
• compareMinusChainMinusIdenticalRight() : GenModel.h
• compareMultipleWithSingle() : GenModel.cpp
• comparePlusChainFirstBefore() : GenModel.cpp , GenModel.h
• comparePlusChainIdenticalLeft() : GenModel.cpp , GenModel.h
• complement_exons() : sim4b1.cpp , sim4b1.h
• complementChar() : bioseq.cpp
• compressPath() : combest.cpp
• compressPathHeterogeneous() : combest.cpp
• compseq() : helper.h , helper.c
• Compute_sums_Sx() : oldbionj.c
• computeDerivative() : Coverdepth.cpp , Coverdepth.h
• computeIdentityZValue() : dbaln_fungalrmsimp.cpp
• computeRelativeProfileHeight() : combest.cpp
• computeZvalue() : dbaln_fungalrmsimp.cpp , chimeradetect_mysql.cpp , dbaln_chimerarmsimp.cpp , addentropy.cpp , compnr2gentropy.cpp , rmsimpmatch.cpp
• Concatenate() : oldbionj.c
• Condense_both_Ends() : align.cpp , align.h
• Condense_script() : align.cpp , align.h
• connect() : LoadCDSFromAce.java
• connectAce() : LoadCDSFromAce.java
• constructDerivedTables() : nrep.cpp
• constructJGIGene() : nrep.cpp
• constructJGIModel() : nrep.cpp
• constructor() : README
• convert() : dbtime.h
• copy_string() : misc.h , misc.cpp
• copy_substring() : misc.h , misc.cpp
• count2freq() : doublestop.cpp
• countbase() : doublestop.cpp
• countESTIDs() : estlibcount.cpp
• countIden() : blast.cpp
• countIncludedRange() : wolm.cpp
• countInternalStops() : bioseq.h , bioseq.cpp
• countIntronN() : intronstop.cpp
• countNInIntrons() : intronstop.cpp
• countOneFile() : countest.cpp
• countStop() : intronstop.cpp
• create_alnchimera() : chimeradetect_mysql.cpp
• create_alnsplit() : chimeradetect_mysql.cpp
• create_footprint_exon() : footprintHelper.cpp , pickrepmodel.cpp , footprintHelper.h
• create_gapcount() : chimeradetect_mysql.cpp
• create_modelaln() : chimeradetect_mysql.cpp
• createBootTable() : dbaln_fungalbt.cpp
• createCDSTable() : picktopcds.cpp
• createExonTable() : nrep.cpp
• createFileFrom() : LoadCDSFromAce.java
• createFootprintKeyTable() : footprintHelper.cpp , footprintHelper.h
• createGenericTable() : nrep.cpp
• createGeneTable() : gathercaiwegene.cpp , gathergene.cpp
• createLocusTable() : buildlocusinfo.cpp
• createModelAndExonTables() : nrep.cpp
• createModelClusterTable() : nrep.cpp
• createModelTable() : nrep.cpp
• createNREPSW() : chimeradetect_mysql.cpp
• createOutputTable() : gecods_mysql.cpp
• createRemovedTable() : picktopcds.cpp
• createRemoveTable() : pfogmultipledb.cpp , pfog.cpp
• createSummaryTable() : mergefootprint.cpp
• createTables() : gathercaiwegene.cpp
• createTmpDelTable() : pickrepmodel.cpp
• createTmpTable() : dbaln_fungalrmsimp.cpp , rmsimpmatch.cpp , addentropy.cpp , compnr2gentropy.cpp , dbaln_chimerarmsimp.cpp
• createTranscriptTable() : buildjgitranscript.cpp
• createUniqueTable() : picktopfootprint.cpp , picktopmodel.cpp