- p -

• P2Rindex() : bioseq.cpp , bioseq.h , bioseq.cpp , bioseq.h
• parseAllFilesIntoOne() : filterblast.cpp
• parseargs() : aln_input.h , aln_input.c , aln_input.h
• parseargs_str() : aln_input.h , aln_input.c , aln_input.h
• parseargs_str_new() : aln_input.h , aln_input.c
• parseMultipleFiles() : filterblast.cpp
• parseOneFile() : filterblast.cpp
• pdelta() : helper.h , helper.c , helper.h
• perfectMatch() : alnexon.cpp
• pfitS() : pfitS.c
• pfsdeclump() : pfsdeclump.c
• pgap() : helper.h , helper.c , helper.h
• pickGoodModel() : nrep.cpp
• pickrep() : pickrepmodel.cpp
• pickTop() : preparegw.cpp
• pipeine() : README.mysqlpp
• pluri_align() : sim4b1.cpp
• postorder() : gentree.h , gentree.cpp , gentree.h
• preorder() : gentree.h , gentree.cpp , gentree.h
• prepare() : chimeradetect_mysql.cpp
• prepareNewsubDir() : gbresub.cpp
• print_align() : prnt.cpp , prnt.h
• print_align_blk() : sim4main.cpp
• print_align_header() : prnt.cpp , prnt.h
• print_align_header_n() : prnt.cpp
• print_align_lat() : sim4main.cpp
• print_argv0() : misc.cpp
• print_exons() : sim4b1.cpp , sim4b1.h
• Print_output() : initialize.h , oldbionj.c , initialize.cpp
• print_pipmaker_exons() : sim4b1.cpp , sim4b1.h
• print_trace() : aln_output.c , aln_output.h
• printBanner() : chimeradetect_mysql.cpp
• printFasta() : bioseq.h , bioseq.cpp
• printgaplist() : seqaln2gapos.cpp
• println() : TestAcedb.java
• processAll() : pfogmultipledb.cpp , pfogfile.cpp
• processModels() : estlibcount.cpp
• processOneBatch() : pfog.cpp
• processOneFile() : gdna2a.cpp , gprt2a.cpp , gb2ace.cpp
• prpt_row() : prpt_row.c
• ptrace() : ptrace.c
• pvlocalS() : pvlocalS.c
• pvsrlocalS() : pvsrlocalS.c