- s -

• S2A() : align.cpp , align.h
• same_string() : misc.h , misc.cpp
• samestr() : uniqueshortseq.cpp
• save() : picknewseq.cpp
• scanleft() : trace.c
• scanup() : trace.c
• script_flip_list() : sim4b1.cpp
• search() : sim4b1.cpp
• searchFiles() : combest.cpp
• separate() : prt.cpp , prt.h
• seq2comp() : blast.cpp
• set_argv_scores() : dna.cpp
• showmatch() : alnexon.cpp
• showMatrix() : dynaln.cpp
• showRow() : nrep.cpp
• SIM4() : sim4b1.cpp , sim4b1.h
• similarNumber() : alnexon.cpp
• singleSpace() : strformat.cpp , strformat.h
• skipExon() : astyping.cpp
• skipExonVariant() : astyping.cpp
• slide_intron() : sim4b1.cpp
• smaller() : sim4b1.cpp
• snake() : align.cpp
• sort_msps() : sim4b1.cpp
• sortESTIntoGoodBad() : caiwe.cpp
• sortop() : wolm.cpp
• splice() : splice.cpp , splice.h
• splice_acceptor() : splice.cpp
• splice_acceptor_uni() : splice.cpp
• splice_donor() : splice.cpp
• splice_donor_uni() : splice.cpp
• split() : alignment.cc , alnmodel.cc , seqaln2gapos.cpp , gbprt2ace.cpp , blast.cpp , blast.h , blast.cpp , blast.h , seqdiv.cpp , util.cpp , util.h , strformat.cpp , strformat.h
• split2tab() : chimeradetect_mysql.cpp
• splitOneOf() : strformat.cpp , strformat.h
• srgetmaxS() : getbest.c
• srlocalS() : srlocalS.c
• srlsdeclump() : srlsdeclump.c
• startWith() : util.cpp , util.h
• startWithIgnoreCase() : util.cpp , util.h
• statAStype() : astyping.cpp
• statMatch() : alnexon.cpp
• stepct() : splice.cpp
• stoplocation() : doublestop.cpp
• stops() : doublestop.cpp
• stopsInIntrons() : intronstop.cpp
• storeBadInTable() : rmfalselink.cpp
• storeBadModel() : gathergene.cpp
• storeBestModels() : pfog.cpp , pfogfile.cpp , pfogmultipledb.cpp
• storeCDS() : wolm.cpp
• storeDeleteRows() : pfog.cpp , pfogmultipledb.cpp
• storeInChimeraTable() : chimeradetect_mysql.cpp
• storeInDelTable() : pickrepmodel.cpp , picktopcds.cpp
• storeInFootprintKeyTable() : footprintHelper.cpp , footprintHelper.h
• storeInMap() : dbaln_nr.cpp
• storeInTable() : checkchimera.cpp
• storeModel() : nrep.cpp
• storeModelCluster() : nrep.cpp
• storePathInfo() : archivegmap.cpp
• storeProteinIntoMap() : dbaln_cds.cpp , dbaln_nr.cpp
• str2upper() : strformat.h , strformat.cpp
• string() : README
• string2list() : head.cpp
• string2Vector() : GenModel.cpp , GenModel.h
• strTolower() : strformat.cpp , strformat.h
• strToupper() : strformat.cpp , strformat.h
• subseqIsStop() : strformat.cpp , strformat.h
• substr() : strformat.h , strformat.cpp , strformat.h , strformat.cpp , strformat.h , strformat.cpp , strformat.h , strformat.cpp , strformat.h
• Sum_S() : oldbionj.c
• sumnum() : testExon.cpp
• sumnum7() : testExon.cpp
• sumNumber() : Coverdepth.cpp , Coverdepth.h
• sumnumN() : testExon.cpp
• Symmetrize() : oldbionj.c
• sync_slide_intron() : sim4b1.cpp