• alnset : combest.cpp
• alnset_iterator : combest.cpp
• argv_scores_t : args.h
• coords : sim4.h
• edit_op_t : prnt.h
• Exon : sim4.h
• Exon_ptr : sim4.h
• Intron : sim4.h
• Intron_ptr : sim4.h
• MSP : MSPcrunch.h
• Msp_ptr : sim4.h
• mutex : dbaln_chimerarmsimp.cpp
• Pointer : sim4.h
• POINTERS : oldbionj.c , initialize.h
• SEQALN_PROROW : seqaln.h
• SEQALN_TRACE : seqaln.h
• signal_t : sim4.h
• sim4_stats_t : sim4.h
• splice_t : sim4.h
• ss_t : types.h
• ValNodePtr : sim4.h
• WORD : initialize.h , oldbionj.c