- c -

• C : codon.h
• C_score : sim4b1.cpp
• case : README
• cases : README
• cDNA_log4s : sim4b1.cpp
• changes : README
• chimera_intron_len : nrep.cpp
• chromosomes : README
• CLASSPATH : README
• CLINE : align.cpp
• clusterIdCnt : qcaln.cc , qcmultialn.cc
• columns : checkchimera.cpp
• command : sim4b1.h , sim4b1.cpp
• commonex_len : nrep.cpp
• complement : helper.c
• ct : splice.cpp , splice.h
• Currently : README