prtMatrix.h

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00001 //char aa[] = "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*";
00002 //             0    5    10   15   20
00003 /*  PAM120 MATRIX 930809
00004   A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V   B   Z   X  \* */ 
00005 const int PAM120[24][24] = {
00006   3, -3, -1,  0, -3, -1,  0,  1, -3, -1, -3, -2, -2, -4,  1,  1,  1, -7, -4,  0,  0, -1, -1, -8,
00007  -3,  6, -1, -3, -4,  1, -3, -4,  1, -2, -4,  2, -1, -5, -1, -1, -2,  1, -5, -3, -2, -1, -2, -8,
00008  -1, -1,  4,  2, -5,  0,  1,  0,  2, -2, -4,  1, -3, -4, -2,  1,  0, -4, -2, -3,  3,  0, -1, -8,
00009   0, -3,  2,  5, -7,  1,  3,  0,  0, -3, -5, -1, -4, -7, -3,  0, -1, -8, -5, -3,  4,  3, -2, -8,
00010  -3, -4, -5, -7,  9, -7, -7, -4, -4, -3, -7, -7, -6, -6, -4,  0, -3, -8, -1, -3, -6, -7, -4, -8,
00011  -1,  1,  0,  1, -7,  6,  2, -3,  3, -3, -2,  0, -1, -6,  0, -2, -2, -6, -5, -3,  0,  4, -1, -8,
00012   0, -3,  1,  3, -7,  2,  5, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -7, -2, -1, -2, -8, -5, -3,  3,  4, -1, -8,
00013   1, -4,  0,  0, -4, -3, -1,  5, -4, -4, -5, -3, -4, -5, -2,  1, -1, -8, -6, -2,  0, -2, -2, -8,
00014  -3,  1,  2,  0, -4,  3, -1, -4,  7, -4, -3, -2, -4, -3, -1, -2, -3, -3, -1, -3,  1,  1, -2, -8,
00015  -1, -2, -2, -3, -3, -3, -3, -4, -4,  6,  1, -3,  1,  0, -3, -2,  0, -6, -2,  3, -3, -3, -1, -8,
00016  -3, -4, -4, -5, -7, -2, -4, -5, -3,  1,  5, -4,  3,  0, -3, -4, -3, -3, -2,  1, -4, -3, -2, -8,
00017  -2,  2,  1, -1, -7,  0, -1, -3, -2, -3, -4,  5,  0, -7, -2, -1, -1, -5, -5, -4,  0, -1, -2, -8,
00018  -2, -1, -3, -4, -6, -1, -3, -4, -4,  1,  3,  0,  8, -1, -3, -2, -1, -6, -4,  1, -4, -2, -2, -8,
00019  -4, -5, -4, -7, -6, -6, -7, -5, -3,  0,  0, -7, -1,  8, -5, -3, -4, -1,  4, -3, -5, -6, -3, -8,
00020   1, -1, -2, -3, -4,  0, -2, -2, -1, -3, -3, -2, -3, -5,  6,  1, -1, -7, -6, -2, -2, -1, -2, -8,
00021   1, -1,  1,  0,  0, -2, -1,  1, -2, -2, -4, -1, -2, -3,  1,  3,  2, -2, -3, -2,  0, -1, -1, -8,
00022   1, -2,  0, -1, -3, -2, -2, -1, -3,  0, -3, -1, -1, -4, -1,  2,  4, -6, -3,  0,  0, -2, -1, -8,
00023  -7,  1, -4, -8, -8, -6, -8, -8, -3, -6, -3, -5, -6, -1, -7, -2, -6, 12, -2, -8, -6, -7, -5, -8,
00024  -4, -5, -2, -5, -1, -5, -5, -6, -1, -2, -2, -5, -4,  4, -6, -3, -3, -2,  8, -3, -3, -5, -3, -8,
00025   0, -3, -3, -3, -3, -3, -3, -2, -3,  3,  1, -4,  1, -3, -2, -2,  0, -8, -3,  5, -3, -3, -1, -8,
00026   0, -2,  3,  4, -6,  0,  3,  0,  1, -3, -4,  0, -4, -5, -2,  0,  0, -6, -3, -3,  4,  2, -1, -8,
00027  -1, -1,  0,  3, -7,  4,  4, -2,  1, -3, -3, -1, -2, -6, -1, -1, -2, -7, -5, -3,  2,  4, -1, -8,
00028  -1, -2, -1, -2, -4, -1, -1, -2, -2, -1, -2, -2, -2, -3, -2, -1, -1, -5, -3, -1, -1, -1, -2, -8,
00029  -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8,  1
00030  };
00031 
00032 
00033 /*  BLOSUM62 930809
00034   A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V   B   Z   X  \* */ 
00035 const int BLOSUM62[24][24] = {
00036   4, -1, -2, -2,  0, -1, -1,  0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1,  1,  0, -3, -2,  0, -2, -1,  0, -4,
00037  -1,  5,  0, -2, -3,  1,  0, -2,  0, -3, -2,  2, -1, -3, -2, -1, -1, -3, -2, -3, -1,  0, -1, -4,
00038  -2,  0,  6,  1, -3,  0,  0,  0,  1, -3, -3,  0, -2, -3, -2,  1,  0, -4, -2, -3,  3,  0, -1, -4,
00039  -2, -2,  1,  6, -3,  0,  2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1,  0, -1, -4, -3, -3,  4,  1, -1, -4,
00040   0, -3, -3, -3,  9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1, -2, -2, -1, -3, -3, -2, -4,
00041  -1,  1,  0,  0, -3,  5,  2, -2,  0, -3, -2,  1,  0, -3, -1,  0, -1, -2, -1, -2,  0,  3, -1, -4,
00042  -1,  0,  0,  2, -4,  2,  5, -2,  0, -3, -3,  1, -2, -3, -1,  0, -1, -3, -2, -2,  1,  4, -1, -4,
00043   0, -2,  0, -1, -3, -2, -2,  6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2,  0, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -1, -4,
00044  -2,  0,  1, -1, -3,  0,  0, -2,  8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2,  2, -3,  0,  0, -1, -4,
00045  -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3,  4,  2, -3,  1,  0, -3, -2, -1, -3, -1,  3, -3, -3, -1, -4,
00046  -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3,  2,  4, -2,  2,  0, -3, -2, -1, -2, -1,  1, -4, -3, -1, -4,
00047  -1,  2,  0, -1, -3,  1,  1, -2, -1, -3, -2,  5, -1, -3, -1,  0, -1, -3, -2, -2,  0,  1, -1, -4,
00048  -1, -1, -2, -3, -1,  0, -2, -3, -2,  1,  2, -1,  5,  0, -2, -1, -1, -1, -1,  1, -3, -1, -1, -4,
00049  -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1,  0,  0, -3,  0,  6, -4, -2, -2,  1,  3, -1, -3, -3, -1, -4,
00050  -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4,  7, -1, -1, -4, -3, -2, -2, -1, -2, -4,
00051   1, -1,  1,  0, -1,  0,  0,  0, -1, -2, -2,  0, -1, -2, -1,  4,  1, -3, -2, -2,  0,  0,  0, -4,
00052   0, -1,  0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1,  1,  5, -2, -2,  0, -1, -1,  0, -4,
00053  -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1,  1, -4, -3, -2, 11,  2, -3, -4, -3, -2, -4,
00054  -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3,  2, -1, -1, -2, -1,  3, -3, -2, -2,  2,  7, -1, -3, -2, -1, -4,
00055   0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3,  3,  1, -2,  1, -1, -2, -2,  0, -3, -1,  4, -3, -2, -1, -4,
00056  -2, -1,  3,  4, -3,  0,  1, -1,  0, -3, -4,  0, -3, -3, -2,  0, -1, -4, -3, -3,  4,  1, -1, -4,
00057  -1,  0,  0,  1, -3,  3,  4, -2,  0, -3, -3,  1, -1, -3, -1,  0, -1, -3, -2, -2,  1,  4, -1, -4,
00058   0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2,  0,  0, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -4,
00059  -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,  1
00060  };
00061 
00062 
00063 /*  BLOSUM62 930809
00064   A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V   B   Z   X  \* */ 
00065 const int BLOSUM62_12[24][24] = {
00066   4, -1, -2, -2,  0, -1, -1,  0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1,  1,  0, -3, -2,  0, -2, -1,  0, -12,
00067  -1,  5,  0, -2, -3,  1,  0, -2,  0, -3, -2,  2, -1, -3, -2, -1, -1, -3, -2, -3, -1,  0, -1, -12,
00068  -2,  0,  6,  1, -3,  0,  0,  0,  1, -3, -3,  0, -2, -3, -2,  1,  0, -4, -2, -3,  3,  0, -1, -12,
00069  -2, -2,  1,  6, -3,  0,  2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1,  0, -1, -4, -3, -3,  4,  1, -1, -12,
00070   0, -3, -3, -3,  9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1, -2, -2, -1, -3, -3, -2, -12,
00071  -1,  1,  0,  0, -3,  5,  2, -2,  0, -3, -2,  1,  0, -3, -1,  0, -1, -2, -1, -2,  0,  3, -1, -12,
00072  -1,  0,  0,  2, -4,  2,  5, -2,  0, -3, -3,  1, -2, -3, -1,  0, -1, -3, -2, -2,  1,  4, -1, -12,
00073   0, -2,  0, -1, -3, -2, -2,  6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2,  0, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -1, -12,
00074  -2,  0,  1, -1, -3,  0,  0, -2,  8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2,  2, -3,  0,  0, -1, -12,
00075  -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3,  4,  2, -3,  1,  0, -3, -2, -1, -3, -1,  3, -3, -3, -1, -12,
00076  -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3,  2,  4, -2,  2,  0, -3, -2, -1, -2, -1,  1, -4, -3, -1, -12,
00077  -1,  2,  0, -1, -3,  1,  1, -2, -1, -3, -2,  5, -1, -3, -1,  0, -1, -3, -2, -2,  0,  1, -1, -12,
00078  -1, -1, -2, -3, -1,  0, -2, -3, -2,  1,  2, -1,  5,  0, -2, -1, -1, -1, -1,  1, -3, -1, -1, -12,
00079  -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1,  0,  0, -3,  0,  6, -4, -2, -2,  1,  3, -1, -3, -3, -1, -12,
00080  -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4,  7, -1, -1, -4, -3, -2, -2, -1, -2, -12,
00081   1, -1,  1,  0, -1,  0,  0,  0, -1, -2, -2,  0, -1, -2, -1,  4,  1, -3, -2, -2,  0,  0,  0, -12,
00082   0, -1,  0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1,  1,  5, -2, -2,  0, -1, -1,  0, -12,
00083  -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1,  1, -4, -3, -2, 11,  2, -3, -4, -3, -2, -12,
00084  -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3,  2, -1, -1, -2, -1,  3, -3, -2, -2,  2,  7, -1, -3, -2, -1, -12,
00085   0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3,  3,  1, -2,  1, -1, -2, -2,  0, -3, -1,  4, -3, -2, -1, -12,
00086  -2, -1,  3,  4, -3,  0,  1, -1,  0, -3, -4,  0, -3, -3, -2,  0, -1, -4, -3, -3,  4,  1, -1, -12,
00087  -1,  0,  0,  1, -3,  3,  4, -2,  0, -3, -3,  1, -1, -3, -1,  0, -1, -3, -2, -2,  1,  4, -1, -12,
00088   0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2,  0,  0, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -12,
00089  -12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12, 1
00090  };
00091 
00092 /* Amino acid residue frequencies used by S. Altschul */
00093 const double aafq[20] = {.081, .057, .045, .054, .015, .039, .061, .068, 
00094         .022, .057, .093, .056, .025, .040, .049, .068, .058, .013, .032, .067 } ;
00095 
00096