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Variables

char aa_btoa [] = "-ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*"
char aa [] = "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*"
char nt_btoa [] = "ACGTRYMKWSBDHVN-"
int PAM120 [24][24]
int BLOSUM62 [24][24]
int BLOSUM62_12 [24][24]
double aafq [20]

Variable Documentation

char aa[] = "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*"

Referenced by rmsp(), and rmsp1().

char aa_btoa[] = "-ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*"

double aafq[20]

Initial value:

 {.081, .057, .045, .054, .015, .039, .061, .068, .022, .057,
           .093, .056, .025, .040, .049, .068, .058, .013, .032, .067 }

int BLOSUM62[24][24]

Initial value:

 {
  4, -1, -2, -2,  0, -1, -1,  0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1,  1,  0, -3, -2,  0, -2, -1,  0, -4,
 -1,  5,  0, -2, -3,  1,  0, -2,  0, -3, -2,  2, -1, -3, -2, -1, -1, -3, -2, -3, -1,  0, -1, -4,
 -2,  0,  6,  1, -3,  0,  0,  0,  1, -3, -3,  0, -2, -3, -2,  1,  0, -4, -2, -3,  3,  0, -1, -4,
 -2, -2,  1,  6, -3,  0,  2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1,  0, -1, -4, -3, -3,  4,  1, -1, -4,
  0, -3, -3, -3,  9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1, -2, -2, -1, -3, -3, -2, -4,
 -1,  1,  0,  0, -3,  5,  2, -2,  0, -3, -2,  1,  0, -3, -1,  0, -1, -2, -1, -2,  0,  3, -1, -4,
 -1,  0,  0,  2, -4,  2,  5, -2,  0, -3, -3,  1, -2, -3, -1,  0, -1, -3, -2, -2,  1,  4, -1, -4,
  0, -2,  0, -1, -3, -2, -2,  6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2,  0, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -1, -4,
 -2,  0,  1, -1, -3,  0,  0, -2,  8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2,  2, -3,  0,  0, -1, -4,
 -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3,  4,  2, -3,  1,  0, -3, -2, -1, -3, -1,  3, -3, -3, -1, -4,
 -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3,  2,  4, -2,  2,  0, -3, -2, -1, -2, -1,  1, -4, -3, -1, -4,
 -1,  2,  0, -1, -3,  1,  1, -2, -1, -3, -2,  5, -1, -3, -1,  0, -1, -3, -2, -2,  0,  1, -1, -4,
 -1, -1, -2, -3, -1,  0, -2, -3, -2,  1,  2, -1,  5,  0, -2, -1, -1, -1, -1,  1, -3, -1, -1, -4,
 -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1,  0,  0, -3,  0,  6, -4, -2, -2,  1,  3, -1, -3, -3, -1, -4,
 -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4,  7, -1, -1, -4, -3, -2, -2, -1, -2, -4,
  1, -1,  1,  0, -1,  0,  0,  0, -1, -2, -2,  0, -1, -2, -1,  4,  1, -3, -2, -2,  0,  0,  0, -4,
  0, -1,  0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1,  1,  5, -2, -2,  0, -1, -1,  0, -4,
 -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1,  1, -4, -3, -2, 11,  2, -3, -4, -3, -2, -4,
 -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3,  2, -1, -1, -2, -1,  3, -3, -2, -2,  2,  7, -1, -3, -2, -1, -4,
  0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3,  3,  1, -2,  1, -1, -2, -2,  0, -3, -1,  4, -3, -2, -1, -4,
 -2, -1,  3,  4, -3,  0,  1, -1,  0, -3, -4,  0, -3, -3, -2,  0, -1, -4, -3, -3,  4,  1, -1, -4,
 -1,  0,  0,  1, -3,  3,  4, -2,  0, -3, -3,  1, -1, -3, -1,  0, -1, -3, -2, -2,  1,  4, -1, -4,
  0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2,  0,  0, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -4,
 -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,  1
 }

int BLOSUM62_12[24][24]

Initial value:

 {
  4, -1, -2, -2,  0, -1, -1,  0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1,  1,  0, -3, -2,  0, -2, -1,  0, -12,
 -1,  5,  0, -2, -3,  1,  0, -2,  0, -3, -2,  2, -1, -3, -2, -1, -1, -3, -2, -3, -1,  0, -1, -12,
 -2,  0,  6,  1, -3,  0,  0,  0,  1, -3, -3,  0, -2, -3, -2,  1,  0, -4, -2, -3,  3,  0, -1, -12,
 -2, -2,  1,  6, -3,  0,  2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1,  0, -1, -4, -3, -3,  4,  1, -1, -12,
  0, -3, -3, -3,  9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1, -2, -2, -1, -3, -3, -2, -12,
 -1,  1,  0,  0, -3,  5,  2, -2,  0, -3, -2,  1,  0, -3, -1,  0, -1, -2, -1, -2,  0,  3, -1, -12,
 -1,  0,  0,  2, -4,  2,  5, -2,  0, -3, -3,  1, -2, -3, -1,  0, -1, -3, -2, -2,  1,  4, -1, -12,
  0, -2,  0, -1, -3, -2, -2,  6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2,  0, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -1, -12,
 -2,  0,  1, -1, -3,  0,  0, -2,  8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2,  2, -3,  0,  0, -1, -12,
 -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3,  4,  2, -3,  1,  0, -3, -2, -1, -3, -1,  3, -3, -3, -1, -12,
 -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3,  2,  4, -2,  2,  0, -3, -2, -1, -2, -1,  1, -4, -3, -1, -12,
 -1,  2,  0, -1, -3,  1,  1, -2, -1, -3, -2,  5, -1, -3, -1,  0, -1, -3, -2, -2,  0,  1, -1, -12,
 -1, -1, -2, -3, -1,  0, -2, -3, -2,  1,  2, -1,  5,  0, -2, -1, -1, -1, -1,  1, -3, -1, -1, -12,
 -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1,  0,  0, -3,  0,  6, -4, -2, -2,  1,  3, -1, -3, -3, -1, -12,
 -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4,  7, -1, -1, -4, -3, -2, -2, -1, -2, -12,
  1, -1,  1,  0, -1,  0,  0,  0, -1, -2, -2,  0, -1, -2, -1,  4,  1, -3, -2, -2,  0,  0,  0, -12,
  0, -1,  0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1,  1,  5, -2, -2,  0, -1, -1,  0, -12,
 -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1,  1, -4, -3, -2, 11,  2, -3, -4, -3, -2, -12,
 -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3,  2, -1, -1, -2, -1,  3, -3, -2, -2,  2,  7, -1, -3, -2, -1, -12,
  0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3,  3,  1, -2,  1, -1, -2, -2,  0, -3, -1,  4, -3, -2, -1, -12,
 -2, -1,  3,  4, -3,  0,  1, -1,  0, -3, -4,  0, -3, -3, -2,  0, -1, -4, -3, -3,  4,  1, -1, -12,
 -1,  0,  0,  1, -3,  3,  4, -2,  0, -3, -3,  1, -1, -3, -1,  0, -1, -3, -2, -2,  1,  4, -1, -12,
  0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2,  0,  0, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -12,
 -12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12,-12, 1
 }

char nt_btoa[] = "ACGTRYMKWSBDHVN-"

int PAM120[24][24]

Initial value:

 {
  3, -3, -1,  0, -3, -1,  0,  1, -3, -1, -3, -2, -2, -4,  1,  1,  1, -7, -4,  0,  0, -1, -1, -8,
 -3,  6, -1, -3, -4,  1, -3, -4,  1, -2, -4,  2, -1, -5, -1, -1, -2,  1, -5, -3, -2, -1, -2, -8,
 -1, -1,  4,  2, -5,  0,  1,  0,  2, -2, -4,  1, -3, -4, -2,  1,  0, -4, -2, -3,  3,  0, -1, -8,
  0, -3,  2,  5, -7,  1,  3,  0,  0, -3, -5, -1, -4, -7, -3,  0, -1, -8, -5, -3,  4,  3, -2, -8,
 -3, -4, -5, -7,  9, -7, -7, -4, -4, -3, -7, -7, -6, -6, -4,  0, -3, -8, -1, -3, -6, -7, -4, -8,
 -1,  1,  0,  1, -7,  6,  2, -3,  3, -3, -2,  0, -1, -6,  0, -2, -2, -6, -5, -3,  0,  4, -1, -8,
  0, -3,  1,  3, -7,  2,  5, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -7, -2, -1, -2, -8, -5, -3,  3,  4, -1, -8,
  1, -4,  0,  0, -4, -3, -1,  5, -4, -4, -5, -3, -4, -5, -2,  1, -1, -8, -6, -2,  0, -2, -2, -8,
 -3,  1,  2,  0, -4,  3, -1, -4,  7, -4, -3, -2, -4, -3, -1, -2, -3, -3, -1, -3,  1,  1, -2, -8,
 -1, -2, -2, -3, -3, -3, -3, -4, -4,  6,  1, -3,  1,  0, -3, -2,  0, -6, -2,  3, -3, -3, -1, -8,
 -3, -4, -4, -5, -7, -2, -4, -5, -3,  1,  5, -4,  3,  0, -3, -4, -3, -3, -2,  1, -4, -3, -2, -8,
 -2,  2,  1, -1, -7,  0, -1, -3, -2, -3, -4,  5,  0, -7, -2, -1, -1, -5, -5, -4,  0, -1, -2, -8,
 -2, -1, -3, -4, -6, -1, -3, -4, -4,  1,  3,  0,  8, -1, -3, -2, -1, -6, -4,  1, -4, -2, -2, -8,
 -4, -5, -4, -7, -6, -6, -7, -5, -3,  0,  0, -7, -1,  8, -5, -3, -4, -1,  4, -3, -5, -6, -3, -8,
  1, -1, -2, -3, -4,  0, -2, -2, -1, -3, -3, -2, -3, -5,  6,  1, -1, -7, -6, -2, -2, -1, -2, -8,
  1, -1,  1,  0,  0, -2, -1,  1, -2, -2, -4, -1, -2, -3,  1,  3,  2, -2, -3, -2,  0, -1, -1, -8,
  1, -2,  0, -1, -3, -2, -2, -1, -3,  0, -3, -1, -1, -4, -1,  2,  4, -6, -3,  0,  0, -2, -1, -8,
 -7,  1, -4, -8, -8, -6, -8, -8, -3, -6, -3, -5, -6, -1, -7, -2, -6, 12, -2, -8, -6, -7, -5, -8,
 -4, -5, -2, -5, -1, -5, -5, -6, -1, -2, -2, -5, -4,  4, -6, -3, -3, -2,  8, -3, -3, -5, -3, -8,
  0, -3, -3, -3, -3, -3, -3, -2, -3,  3,  1, -4,  1, -3, -2, -2,  0, -8, -3,  5, -3, -3, -1, -8,
  0, -2,  3,  4, -6,  0,  3,  0,  1, -3, -4,  0, -4, -5, -2,  0,  0, -6, -3, -3,  4,  2, -1, -8,
 -1, -1,  0,  3, -7,  4,  4, -2,  1, -3, -3, -1, -2, -6, -1, -1, -2, -7, -5, -3,  2,  4, -1, -8,
 -1, -2, -1, -2, -4, -1, -1, -2, -2, -1, -2, -2, -2, -3, -2, -1, -1, -5, -3, -1, -1, -1, -2, -8,
 -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8,  1
 }

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